Деионизированная, так же как и дистиллированная и очищенная вода, является неотъемлемым элементом всех лабораторий и применяется для подготовки микробиологических сред, буферов, производства химических и биохимических реагентов, выращивания культур клеток, тонкого инструментального анализа, хроматографии и т.д.
Стоит отметить, что срок хранения дистиллированной воды не должен превышать 24 часа. Для хранения воды II типа необходимы специальные условия: герметичность емкости, циркуляция и нагрев воды, обеспечивающие сохранение ее качества. Воду I типа не рекомендуется хранить вовсе.
Деионизаторы воды широко применяются в радиоэлектронной промышленности. Производимую ими воду используют для промывки печатных плат, очистки деталей и охлаждения 3D принтеров. Деионизированная вода также широко применяется в высокоточном машиностроении, благодаря отсутствию посторонних примесей и растворённых элементов, влияющих на качество продукции. Использование деионизаторов и обратноосмотических установок подразумевает регулярное приобретение и замену фильтрующих элементов, мембран и ионообменных смол. Периодичность замены расходных материалов зависит от интенсивности использования установок.
Деионизаторы воды, а также обратноосмотические установки очистки воды имеют ряд преимуществ по сравнению с традиционным способом очистки - дистилляцией. К ним относится низкий расход электроэнергии и меньшее потребление исходной воды. Но очень часто все эти недостатки нивелируются стоимостью фильтров, мембран и смол, требующих регулярной замены.
Кроме того, деионизаторы и системы обратного осмоса не обеспечивают «дегазацию» воды, т.е. в процессе очистки не происходит удаление газов, содержащихся в воде.